《高校畢業(yè)生就業(yè)協議書》與勞動合同是用人單位錄用畢業(yè)生時所訂立的書面協議，但兩者分處兩個相互聯系的不同階段，表現在：
第五條 畢業(yè)生與用人單位對就業(yè)協議的成立，有其他約定的，須在就業(yè)協議書中注明。例如：用人單位進人需要經人事主管部門核準的，應當在協議書中約定，核準后就業(yè)協議成立。
1、主體不同
就業(yè)協議適用于應屆畢業(yè)生與用人單位、學校三方之間，學校是就業(yè)協議的見證方或簽約方，就業(yè)協議對用人單位的性質沒有規(guī)定，適用任何單位;而勞動合同只適用于勞動者(含應屆畢業(yè)生)與用人單位(不含公務員單位和比照實行公務員制度的組織和社會團體以及軍隊系統(tǒng))之間，與學校無關。
2、內容不同
畢業(yè)生就業(yè)協議的內容主要是畢業(yè)生如實介紹自身情況，并表示愿意到用人單位就業(yè)、用人單位表示愿意接受畢業(yè)生，學校同意推薦畢業(yè)生并列入就業(yè)方案，而不涉及畢業(yè)生到用人單位報到后，所享有的權利義務。勞動合同的內容涉及勞動報酬、勞動保護、工作內容、勞動紀律等方方面面更為具體，勞動權利義務更為明確。
有的用人單位準備了至少兩份合同，其中一份是假合同，內容完全按照有關部門的要求簽訂，以應付有關部門的檢查，可在勞動過程中并不照此執(zhí)行，真正執(zhí)行的可能是另一份合同
3、時間不同
一般來說就業(yè)協議簽訂在前，就業(yè)協議應在畢業(yè)生就業(yè)之前簽訂，而勞動合同往往在畢業(yè)生到用人單位報到后才簽訂。
在實習期間學生并不能享受到工資、最低工資、工傷、社會保險等勞動法法定的保障，雙方權利義務基本靠實習協議來自行約定，受教育法規(guī)及民事法規(guī)的保護。而就業(yè)協議指向未來勞動合同，所列明的未來勞動合同內容不得違反勞動法，但為保障勞動關系的建立則可約定違約金，如學生未到單位報到則應支付違約金并簽署解約協議以便于下一次就業(yè)。
應關注報到日期、未來勞動合同的期限、試用期、薪酬、崗位、福利、違約金等，這些都是未來勞動合同的主要內容，涉及雙方根本利益。
第五條 違約責任 雙方當事人如違反合同約定，違約方應當對守約方承擔賠償責任．
4、目的不同
就業(yè)協議是畢業(yè)生和用人單位關于將來就業(yè)意向的初步約定，是對雙方的基本條件以及即將簽訂的勞動合同的部分基本內容的大體認可，并經用人單位的上級主管部門和高校就業(yè)部門同意，一經畢業(yè)生、用人單位、高校、用人單位主管部門簽字蓋章，即具有一定的法律效力，是編制畢業(yè)生就業(yè)方案和將來雙方訂立勞動合同的依據。
三要在勞動合同中明確最低的工資標準，最好能將年終獎用條款固定下來，作為工資的一部分。由于我國暫時沒有對年終獎定性，這個法律空白有可能被用人單位利用，將來成為克扣薪水的一種方式;
就業(yè)協議書在畢業(yè)生到用人單位報到時自動終止其效力;勞動合同的終止條件有兩種：一是勞動合同期限屆滿，二是勞動合同約定的終止條件出現。
勞動合同可以適用與各類人員。凡是中華人民共和國國公民只要有勞動能力并符合法律規(guī)定的條件，經過供需見面雙向選擇，一經錄用都可以與用人單位簽訂勞動合同。就業(yè)協議只適用與高校畢業(yè)生。
5、適用法律不同
就業(yè)協議發(fā)生爭議，除根據協議本身內容之外主要依據現有的畢業(yè)生就業(yè)政策和法律對合同的一般規(guī)定來加以解決，尚沒有專門的一部法律對畢業(yè)生就業(yè)協議加以調整。而勞動合同發(fā)生爭議，應依據《勞動法》來處理。
